1958年、上智大学創立50周年の記念事業の一環として、理工学部の創設が計画されました。もともとイエズス会の教育の規範「学事規定」には、自然科学を教育に組み込むことが明記されており、16世紀に府内（現在の大分市）に設けられたイエズス会の高等教育機関であるコレジヨでも、天球論などの自然科学教育が行われていたことが講義録『コンペンディウム』から分かります。

日本は1950年代後半から高度成長期を迎え、1960年には所得倍増計画が決定されました。文部省は理工学系の教育・研究体制を強化し、産学連携を重視するようになりました。他方、急激な工業化に伴う四大公害病などの公害問題に人々の関心が向けられるようになり、こうした社会的課題の解決のためにも、理工学研究の必要性が強く認識されるようになっていきました。

こうした時代背景のもと、1958年1月、当時の大泉孝理事長は理工学部開設計画を発表し、学内に設立準備委員会を設置しました。多額の費用を要する学部新設に向けて、学内外で募金活動が本格的に始まりました。

さらに、フランツ・ヨゼフ・モール神父がドイツ・ケルンに滞在して募金活動に奔走し、アロイシャス・ミラー神父、ダニエル・マッコイ神父、ロバート・ドレスマン神父の3人はアメリカでの募金活動を展開しました。こうした尽力により、総額20億円に及ぶ建設資金の見通しが立ちました。

特にドイツからは、資金援助に加え、高額な機器や機械が数多く寄贈されました。1960年3月にはドイツのコンラート・アデナウアー首相が来学し、理工学部校舎となる3号館の敷地に鍬入れを行っています。このように理工学部開設の背景には、深い支援の歴史がありました。

2012年、理工学部は創設50周年を迎えました。10月に行われた記念式典で、当時の滝澤正学長は、理工学部の創設は上智大学が総合大学としての発展する基盤となったこと、そして今後も理工学部が「文理融合教育の実現」を担う上で重要な役割を果たし続ける、と述べました。理工学部創設にあたり、ドイツのケルン大司教区から多大な援助があったことから、ヨアヒム・マイスナー枢機卿に感謝状が贈られ、続いてノーベル化学賞受賞者である野依良治氏による記念講演も行われました。

同年秋には、英語で講義を行うコースを新設しました。これは文部科学省の国際化拠点整備事業（グローバル30）の構想に基づいたものです。物質生命理工学科の「グリーンサイエンスコース」と、機能創造理工学科の「グリーンエンジニアリングコース」が始動し、5 人の第一期生を迎えました。