1547年、マラッカの教会で鹿児島出身のアンジローらに出会い、日本人が、高い道徳心、旺盛な知識欲、誠実な生活態度を有する稀有な民族だと知りました。そこで、日本において神に仕えること、宣教することが自分の使命であると考えたのです。この間のザビエルの心の動きは、ザビエルがローマへ頻繁に送った手紙で明らかとなっています。^＊1

1549年8月15日はザビエルが日本に初めてその足跡を記した日です。ヨーロッパ人にとっては世界の果ての地である日本へ渡航するということは困難を極めたと想像できます。初めての気候風土、食べ物、日本語学習の難しさなど、ザビエルにとって困難な事はたくさんありましたが、日本人に対する敬愛の念は変わりませんでした。「この国のひとびとは・・・・最高の国民であり、日本人より優れた人びとを見つけられない」とゴアのイエズス会員に手紙で報告しています。

ザビエルは宣教に従事しながら、「ミヤコ」に上り「国王」、つまり天皇または将軍に会い日本で正式に宣教する許可を得て、イグナチオと共に学んだパリ大学のような大学を「ミヤコ」に設立したい。その場所は、ヨーロッパと日本の両方の思想、文化の一大交流拠点としたい、という構想を固めていきました。残念ながら、ミヤコで国王に会うことはかないませんでしたが、平戸、山口、大分などで精力的な宣教をし、基礎固めをしてゆきました。

しかし、ヨーロッパからの便りが絶え、目的の実現準備のために一度インドに戻ります。この時にザビエルは日本人の青年2人をヨーロッパで学ばせようと同行させています。ザビエルとともに海を渡った日本人ベルナルドは、後にポルトガルを経由してローマを訪れましたが、ヨーロッパで得た知識を日本に持ち帰ることはかなわず客死しました。また、日本について情報の乏しいヨーロッパ人に対して、いかに日本人が優れているかを知らせようと、ザビエルは2人の高僧をヨーロッパへ同行させたいという計画も持っていました。残念ながら困難な船旅を嫌がり、一緒に渡航する僧が見つからず、この構想は実現には至りませんでした。しかし、「双方向的人物交流を基に日本とヨーロッパの文化・思想交流を行う」というグローバルな構想を、この時すでにザビエルは持っていたのです。

その後、アレッサンドロ・ヴァリニャーノ（1539-1606）などにより日本人司祭育成のためのセミナリオ^＊2、コレジオ^＊3が日本にも設立され、人間論、神学などが教授された時期もありましたが、1587年秀吉の伴天連追放令以降キリシタン禁令の時代に突入していくこととなります。キリシタン禁令の高札が撤去されるのには、1873年まで待たなければなりませんでした。