創刊号を開いてみると、巻頭言“Aims and Objectives.”（「本誌の目標と企図」）には、東アジア、とりわけ日本の伝統の本質と特色をアメリカやヨーロッパに伝えること、誌面を介して世界各国の東アジア研究者をつなぐことを目的とし、東西世界の過去・現在の関係や、1550年から1650年にかけての、いわゆる“Christian century”に注視することを特色とする旨が記されています（※1）。

同年7月には、創刊号に続く第1巻第2号が刊行。当初の構想であった季刊とはなりませんでしたが、日本の芸能・文学・宗教・思想、そしてキリシタン史など多彩なテーマを取り上げた論文、史料や原典の翻訳、小論文、書評が掲載され、国内外のメディアや学界でも取り上げられて好評を博しました。

日本研究を通じて、上智大学の名を海外に浸透させ続けていた Monumenta Nipponicaでしたが、戦争がもたらす混沌とした日本および国際情勢とは無縁ではいられませんでした。

1941年、国内の紙不足により、大学は日本政府から印刷用紙の節約を求められます。それでも年2回の刊行ペースを維持しますが、戦時体制下での出版物を取り巻く状況は悪化してゆきます。1943/1944年頃のものと思われる「雑誌調査表」によると、1943年度以降は年1回、ページ数を増やして発行とすることも構想されていたようですが、1944年5月発行の第6巻（第1・2号合併号）の後は、刊行が滞ることとなりました。

その後、東京大空襲により上智大学のキャンパスと近隣が罹災し、戦後の1946年には初代編集長のクラウス神父が帰天。戦争による荒廃と戦後の混沌とした状況下にあって、Monumenta Nipponicaは1950年まで休刊状態となります。

2024年現在、Monumenta Nipponicaは、研究・出版をめぐる環境の変化に対応しています。創刊以来のコンテンツは、公式ホームページからさまざまな条件を指定して検索できるようになっています。また、各コンテンツの全文は、有料電子ジャーナルサービスのJSTORとProject MUSEを経由して、世界の大学・研究機関で閲覧することができます。創刊号から最新号まで、長きにわたる研究の成果・動向が、オンラインでより多くの世界中の読者の目に留まるようになっているのです。

2020年には、日英併記の創刊80年記念誌として、『『モニュメンタ・ニポニカ』―80年の節目を越えて未来へ―』が刊行され、その歴史と展望が紹介されました。Monumenta Nipponicaは、これからも国際的な日本研究の学術誌として世界へ発信し続け、研究者間の架け橋としての役割を果たしてゆきます。