【神学専攻】
［博士前期課程］
本課程に2年（4学期）以上在学して所定の選択科目（30単位）を履修し、かつ研究指導を受けた上で修士論文を提出し、学科と論文についての最終試験に合格した学生に修士（神学）の学位が授与されます。
上記以外に、組織神学コース、聖書神学コース、キリスト教倫理・文化コースのいずれかに属し、それぞれの要件を満たすことにより、修士（神学）に加えて各コースの学位を取得することができます。
組織神学コースでは、神学部の組織神学系を修了、もしくはそれと同等の要件を満たした上で、規定の教義神学科目（16 単位以上）と選択科目（14 単位以上）および「研究指導」を履修し、論文審査と総合試験に合格すれば、修士（神学）の学位に加えて、全世界のカトリック教会に共通な教会法上の学位 STB（Sacrae Theologiae Baccalaureatus）を取得することができます。またさらに規定の選択必修科目（18 単位以上）を履修し、論文審査と 総合試験に合格すれば、 STL（Sacrae Theologiae Licentia）の学位を取得することができます。
聖書神学コースでは、規定の聖書神学科目（16 単位以上）と選択科目（８単位以上）および「研究指導」を履修し、論文審査と総合試験に合格すれば、修士（神学）の学位に加えて、M. Bib（Master of Biblical Studies）の学位を取得することができます。
キリスト教倫理・文化コースでは、規定の実践神学科目（16 単位以上）と選択科目（８単位以上）、および「研究指導」を履修し論文審査と総合試験に合格すれば、修士（神学）の学位に加えて、M. Div（Master of Divinity）の学位を取得することができます。
【組織神学専攻】
［博士後期課程］
本課程に3年（6学期）以上在学し、所定の研究指導を受けた上で博士論文を提出し、その審査および最終試験に合格すれば、博士（神学）の学位を取得することができます。また必要な要件を満たしている場合には、STD（Sacrae Theologiae Doctoratus）の学位をも取得することができます。
なお博士論文作成は、適切な時期に実施される博士論文執筆資格試験に合格した後に承認されます。
