本専攻は2000年の歴史を持つカトリック神学を研究する国内では数少ない研究機関です。本専攻では多様な学生の必要と関心にあわせて複数の研究コースを設置しています。また、入試、研究・教育、すべて新時代の要求に応えられる体制となっています。
博士前期課程（神学専攻）では30単位以上を履修し、論文を提出し、総合試験に合格すれば、修士（神学）の学位が取得できます。また、3つのコースが設けられており、聖書の研究を行う聖書神学コース、カトリック教会の司祭を養成する組織神学コース、カトリック教会での宣教や司牧の実践について学ぶキリスト教倫理・文化コースがあります。
また本学の研究科は教皇庁立学位授与機関として認可されているので、要件を満たせば組織神学コースは世界のカトリック教会共通のSTB、STL、聖書神学コースではM.Bib、キリスト教倫理・文化コースではM.Divの学位を取得することもできます。
神学研究科は教皇庁立学位授与機関として認可され、組織神学コースではカトリック教会に共通のSTB（Sacrae Theologiae Baccalaurea）とSTL（Sacrae Theologiae Licentia）の学位が取得可能。
聖書神学コースでは、M.Bib（Master of Biblical Studies）の学位が取得でき、キリスト教倫理・文化コースではM.Div（Master of Divinity）の学位を取得できます。
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