前期課程では、カトリック教会の教授資格をめざしてカトリック神学を体系的に研究する組織神学コース、聖書研究の方法論を身に付ける聖書神学コースおよび宣教や司牧の実践について学ぶキリスト教倫理・文化コースを設置。
また研究者養成を主目的とする後期課程では、教育訓練も組み込んでいます。カトリック司祭・修道者とカトリック学校での宗教科教員の養成、および自己のキリスト教信仰を客観的・批判的に省察することにより教会に貢献できる人材養成を主目的とします。
聖書神学コース、組織神学コース、キリスト教倫理・文化コースの３つのコースが設けられています（博士前期課程）
カトリック神学と日本の精神や文化的伝統の融合をはかり、独自の神学の樹立を目指した研究を行います（博士後期課程）
