◎ 博士前期課程（入学定員20名）
A哲学専修コース：
古代ギリシアからキリスト教教父、中世のスコラ学・神秘思想を経て、近世・現代の諸思想へと至る西洋思想全般の伝統を哲学的に研究し、これとともに芸術、宗教、文化のあり方を根本的から考えます。
必 修 哲学総合演習４単位 修士論文
選択必修 文献研究科目群のなかから１０単位
選択科目 16単位以上
合 計 30単位以上
入試の語学：英独仏羅希のなかから第一外国語と第二外国語の二つを選択する
B：現代思想コース：
現代的な視座から哲学・思想・倫理・美学の人文的研究を行うとともに、環境破壊や生命操作など現代社会が直面するさまざまな倫理的問題を根本から考えます。
必 修 哲学総合演習4単位 修士論文
選択必修 研究科目群のなかから6単位・文献研究科目群のなかから4単位 計10単位
選択科目 16単位以上
合 計 30単位以上
入試の語学：英独仏のなかから一つを選択する
◎ 博士後期課程（入学定員4名）：
専門研究者の養成を主眼においています。全国規模の学会や内外の研究会に参加し、研究成果を公表しながら研究指導員の下に丹念に研究を進め、最終的に博士論文にまとめることが目標です。在学中に欧米の大学に留学する人もいます。
必 修 哲学特殊研究 4単位
選 択 16単位以上
合 計 20単位以上
入試の語学：英独仏羅希のなかから第一外国語と第二外国語の二つを選択
前期課程必修科目：哲学総合演習
後期課程必修科目：哲学特殊研究
文献研究科目群の授業科目：古代哲学文献研究ⅠA＆B・古代哲学文献研究Ⅱ・古代哲学文献研究ⅢA＆B
中世哲学文献研究ⅠA＆B・中世哲学文献研究ⅡA＆B・中世哲学文献研究Ⅲ・中世哲学史文献研究
近代哲学文献研究ⅠA＆B・近代哲学文献研究ⅡA＆B・近代哲学文献研究Ⅲ・近代哲学文献研究ⅣA＆B
研究科目群の授業科目：現代哲学研究ⅠA＆B・現代哲学研究ⅡA＆B・現代倫理学研究ⅠA&B・現代倫理学研究ⅡA＆B
美学芸術学研究Ⅰ・美学芸術学研究Ⅱ・東洋思想研究・日本思想研究
前期課程は他の研究科の開講科目を8単位までを選択科目として履修でき、また慶應義塾大学、東洋大学、東京女子大学の都内3大学と委託聴講生制度を結んでいるため、履修の幅を広げることが可能です。
年2回行われる上智哲学会で卒業生と交流し、また学内の中世思想研究所、キリスト教文化研究所などと連携して、豊富な研究資料を生かすことができます。フライブルグ大学およびミュンヘン哲学大学との間で大学院レベルの交換留学の協定を結んでいます。
ヘーゲル『精神現象学』における「外化」と「内化」の構造（後期課程）
ソクラテスにおける無知の思い（ドクサ）（後期課程）
ヘーゲル論理学における形式と内容の変遷（後期課程）
個物・自覚・絶対の他ー後期西田哲学の根本問題（後期課程）
『ヴァルター・ベンヤミンの哲学的写真論』ー歴史の露光・現象・定着（後期課程）
Existence and the Cosmos－Through Whitehead's Reconstruction of Cosmology（前期課程）
ホワイトヘッド哲学に見る抽象化批判と科学・哲学思想（前期課程）
西田哲学とキリスト教（前期課程）
エックハルトにおける「内的」認識の根拠の開明（前期課程）
トマス・アクィナスの信仰論（前期課程）
前期ハイデッガーにおける歴史性と歴史学の意味について（前期課程）
ハイデッガーにおける超越概念の問題（前期課程）
『上智哲学誌』や『哲学論集』などの学術雑誌があり、大学院生は自分の論文を掲載することもできます。
